Thuế GTGT 0% cho XNK tại chỗ theo Nghị định 167: Ranh giới mong manh giữa ” hoàn thuế”

Hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ đóng vai trò then chốt trong chuỗi cung ứng của các doanh nghiệp chế xuất tại Việt Nam. Nguồn: HL Shipping

Nghị định 167/2025/NĐ-CP và Luật số 90/2025/QH15 chính thức quy định rõ ràng về khung pháp lý áp dụng thuế suất GTGT 0% đối với hàng hóa xuất nhập khẩu (XNK) tại chỗ. Đây được xem là một bước đi tháo gỡ khó khăn về mặt tài chính trị giá hàng triệu USD cho các doanh nghiệp gia công và FDI tại Việt Nam, tuy nhiên điều này cũng đòi hỏi sự chuẩn bị chứng từ hải quan cực kỳ nghiêm ngặt.

Bối cảnh pháp lý và nút thắt thuế quan đối với hoạt động XNK tại chỗ

Hoạt động xuất nhập khẩu tại chỗ từ lâu đã là hình thức giao thương đặc thù và phổ biến trong chuỗi sản xuất công nghiệp tại Việt Nam. Hình thức này chủ yếu diễn ra giữa một doanh nghiệp nội địa với một doanh nghiệp FDI hoặc một doanh nghiệp nằm trong khu phi thuế quan. Trong số đó, các giao dịch liên quan đến doanh nghiệp chế xuất luôn chiếm tỷ trọng lớn về cả sản lượng lẫn giá trị giao dịch.

Trước khi Nghị định 167/2025/NĐ-CP được ban hành, việc xác định điều kiện áp thuế GTGT 0% cho loại hình này gặp nhiều vướng mắc pháp lý do sự thiếu đồng nhất giữa các thông tư hướng dẫn. Nhiều doanh nghiệp gặp khó khăn trong việc chứng minh tính hợp lệ của giao dịch, dẫn đến nguy cơ bị áp thuế tiêu chuẩn 10%. Do đó, việc hiểu rõ các quy định về doanh nghiệp chế xuất cũng như các chính sách ưu đãi đi kèm là điều kiện tiên quyết để xây dựng phương án tối ưu chi phí.

4 chứng từ cốt lõi quyết định điều kiện hoàn thuế GTGT 0%

Theo quy định mới nhất tại Nghị định 167/2025/NĐ-CP, để được áp dụng thuế suất GTGT 0%, hàng hóa XNK tại chỗ phải đáp ứng đầy đủ hồ sơ thực tế chứng minh hàng hóa đã hoàn thành việc giao nhận trên thực địa và thanh toán qua ngân hàng. Doanh nghiệp cần đặc biệt lưu ý kiểm soát chặt chẽ 4 loại chứng từ cốt lõi sau để tránh rủi ro bị cơ quan hải quan truy thu thuế sau này.

Thứ nhất, hợp đồng mua bán hoặc hợp đồng gia công ký giữa 3 bên (bên xuất khẩu, bên nhập khẩu và bên chỉ định giao nhận tại Việt Nam) phải quy định rõ ràng điều khoản giao nhận tại chỗ. Thứ hai, hóa đơn thương mại phải được lập đúng thời điểm giao nhận và phản ánh đúng giá trị thực tế của lô hàng. Thứ ba, tờ khai hải quan đối ứng của cả đầu xuất và đầu nhập phải khớp thông tin về lượng hàng, mã HS và trị giá tính thuế.

Thứ tư, chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt (thanh toán qua ngân hàng) là tài liệu mang tính pháp lý cao nhất để chứng minh dòng tiền giao dịch. Mọi sai sót nhỏ trong việc đối chiếu tên tài khoản, số hóa đơn trên chứng từ chuyển tiền đều có thể khiến cơ quan thuế từ chối hoàn thuế GTGT 0%.

Doanh nghiệp cần chủ động đối chiếu tờ khai xuất – nhập đối ứng cùng chứng từ thanh toán ngân hàng để bảo đảm tính hợp lệ. Nguồn: HL Shipping

Tác động thực tế đối với hoạt động thông quan và rủi ro truy thu thuế

Việc siết chặt quản lý hồ sơ chứng từ của cơ quan quản lý đồng nghĩa với việc quy trình hậu kiểm sẽ diễn ra thường xuyên và chi tiết hơn. Theo ghi nhận từ Báo Công Thương, nhiều doanh nghiệp gia công xuất khẩu đã bị truy thu hàng trăm triệu đồng tiền thuế chỉ vì lỗi khai sai tên hàng hoặc không chuẩn bị packing list chính xác trong bộ hồ sơ lưu trữ lưu hành nội bộ.

Packing List không chỉ là chứng từ liệt kê chi tiết quy cách đóng gói mà còn là cơ sở trực tiếp để đối chiếu số lượng thực tế với tờ khai hải quan đối ứng khi cơ quan quản lý thực hiện thanh tra. Do đó, việc lưu trữ đầy đủ và chính xác tất cả các chứng từ liên quan là vô cùng quan trọng đối với sự an toàn tài chính của doanh nghiệp.

Để giảm thiểu tối đa các rủi ro pháp lý này, nhiều doanh nghiệp lựa chọn phối hợp cùng các đơn vị cung cấp dịch vụ hải quan trọn gói uy tín. Sự tham gia của các chuyên gia giàu kinh nghiệm giúp rà soát toàn bộ hệ thống chứng từ trước khi truyền tờ khai, đảm bảo tính nhất quán giữa hợp đồng, hóa đơn, tờ khai hải quan và chứng từ thanh toán ngân hàng.

Khuyến nghị tối ưu quy trình từ chuyên gia HL Shipping

HL Shipping khuyến nghị các doanh nghiệp XNK tại chỗ chủ động triển khai ba biện pháp tự bảo vệ sau đây. Trước hết, cần thiết lập quy trình đối soát chéo định kỳ hàng tháng giữa bộ phận kế toán thuế và bộ phận xuất nhập khẩu để kịp thời phát hiện sự lệch pha về số liệu trên tờ khai và hóa đơn.

Kế đến, doanh nghiệp nên chuẩn bị sẵn sàng hồ sơ giải trình chi tiết về quy trình sản xuất và luân chuyển hàng hóa thực tế để trình diện khi có yêu cầu hậu kiểm từ cơ quan hải quan. Cuối cùng, việc chuẩn hóa năng lực nghiệp vụ cho đội ngũ nhân sự nội bộ hoặc hợp tác với một đối tác logistics chuyên nghiệp sẽ giúp doanh nghiệp luôn đi trước các thay đổi về mặt chính sách.

Quy định mới tại Nghị định 167/2025/NĐ-CP tuy mở ra cơ hội tối ưu chi phí lớn nhưng chỉ dành cho các doanh nghiệp có sự bài bản và chuẩn chỉ trong khâu quản lý hồ sơ hải quan.

HL Shipping hỗ trợ doanh nghiệp tối ưu hóa quy trình thủ tục thông quan hàng hóa và bảo đảm tính tuân thủ pháp lý. Nguồn: HL Shipping

Giải pháp đồng hành toàn diện cùng HL Shipping

Tại HL Shipping, chúng tôi hiểu rằng mỗi sai sót nhỏ trong hồ sơ hải quan XNK tại chỗ đều có thể dẫn đến những thiệt hại tài chính nặng nề cho doanh nghiệp. Với hơn 10 năm kinh nghiệm trong ngành logistics và đội ngũ chuyên gia hải quan am hiểu sâu sắc thực tế áp dụng Nghị định 167/2025/NĐ-CP, HL Shipping tự hào mang đến giải pháp toàn diện giúp doanh nghiệp của bạn yên tâm sản xuất:

• Tư vấn chuyên sâu 1-1: Đánh giá rủi ro hồ sơ hoàn thuế GTGT 0% hoàn toàn miễn phí cho 10 doanh nghiệp đăng ký sớm nhất trong tháng.
• Hệ sinh thái dịch vụ đa dạng: Đồng hành cùng cộng đồng xuất nhập khẩu qua các buổi chia sẻ cập nhật chính sách hải quan mới nhất hàng tuần.
• Hỗ trợ thực thi trọn gói: Theo dõi trang thông tin chính thức của HL Shipping để nhận cẩm nang hướng dẫn khai báo hải quan điện tử năm 2026.

Nguồn tham khảo (Sources)

• Báo Chính Phủ: Khung pháp lý tháo gỡ nút thắt thuế xuất nhập khẩu tại chỗ
• Báo Công Thương: Cảnh báo rủi ro truy thu thuế đối với hàng hóa gia công xuất khẩu